Cet enseignement permet la connaissance des relations existantes entre le micro-organisme et le milieu constitué par les eaux, les sols ou le tube digestif de l’homme et de l’animal. Les principaux groupes de micro-organismes (indicateurs ou spécifiques) dans ces différents écosystèmes et les interactions microbes-(faune, eaux, végétaux, sols) sont particulièrement étudiés. Le rôle des micro-organismes dans les différents cycles de la matière vivante (cycles biogéochimiques des éléments) est également largement évoqué.